Cepa es, en microbiología, una variante fenotípica de una especie o, incluso, de un taxón inferior, usualmente propagada clonalmente, debido al interés en la conservación de sus cualidades definitorias. De una manera más básica puede definirse como un conjunto de especies bacterianas que comparten, al menos, una característica.
Existen sociedades científicas, las colecciones de cultivos tipo, que almacenan una gran diversidad de microorganismos y que los difunden a petición de los investigadores; en dichas colecciones, la atribución taxonómica de cada clon está perfectamente asegurada hasta el nivel de cepa.
Las cepas se pueden agrupar según sus características comunes:
- biovar o biotipo, que son aquellas cepas que tienen características bioquímicas y fisiológicas especiales
- morfovar o morfotipo, con morfología especifica
- serovar o serotipo, con características antigénicas específicas
- patovar o patotipo, con con propiedades patógenas para ciertos hospedadores
- fagovar o fagotipo, con especificidad para lisar ciertos bacteriófagos
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